Fibromiyaljinin başlaması için her zaman büyük bir travma olması gerekmez. Hastaların kaslarında küçük bir travmanın yani basit bir incinmenin bile FM’i tetiklediği görülmüştür. O yüzden uygun olmayan egzersizlerin veya kötü duruş pozisyonlarının bu hastalığı artıracağı unutulmamalıdır.
Beyin ve çevre sinirleri arasındaki iletimde görev alan bazı kimyasal maddelerde eksiklik veya bozukluk olduğu söylenmektedir. Bu madde serotonin ve onun ön maddesi olan triptofandır. Serotonin insanda dinlendirici özelliğe sahip olup uykunun gerçekleşmesi ve ağrılı uyaranın algılanmasında rol oynayan önemli bir iletkendir. FM’ li hastaların diyetlerine triptofan eklendiğinde hastalığın şiddetinde azalmalar olduğu kaydedilmiştir .

FM hastalığında ailesel yatkınlık ve kalıtsal özellikler bulunmuştur. Yani FM'li bir annenin çocuklarında benzer sorunlar görülebilir. Hatta beraber yaşamanın getirdiği bir hastalık olarak karı ve kocada aynı hastalık beraberce ortaya çıkabilir. 

Aşırı streslerin merkezi sinir sisteminde, kimyasal iletimde bozukluğa yol açtığı söylenmektedir. Ailesel stresler, çocukluk çağında veya daha sonraki yaşamda cinsel örselenmeler olması, evliliğin kötü sonlanması, ağır yaşam ve iş koşulları FM’ i tırmandırmaktadır.                             

Bazı virüslerin FM’ e yol açtığı iddia edilmektedir. Örneğin Lyme hastalığı veya çok ağır geçen bir gripal infeksiyon sonrası FM başladığına ait yayınlar bulunmaktadır. FM’ de yerel kan akımı azalmasına bağlı olarak yorgunluk geliştiği ve adale esnekliğinde azalma olduğu gösterilmiştir. Buna göre olayın asıl gerçekleştiği yer adale dokusudur. 

Orada gerektiği kadar gevşeme olamamakta aksine daimi kasılmalar olmaktadır. Bu bölgede kan dolaşımı yeterli değildir ve kas dokusu yeterince oksijen alamamaktadır.